Die globale Katastrophe 'Second Impact' hat die Hälfte der Erdbevölkerung vernichtet! Als der 14 jährige Shinji Ikari von seinem entfremdeten Vater in die Stadt Tokyo-3 befohlen wird, muss er feststellen, dass ihm kein versöhnliches Wiedersehen bevorsteht, welches er sich nach dem Tod seiner Mutter so sehr gewünscht hat. Sein Vater hat andere Pläne für ihn. In dem Nerv-Hauptquartier lernt er, dass er einer der wenigen Jugendlichen ist, die die Fähigkeiten besitzen die Evangelion Roboter (EVA's) zu steuern und in den Kampf gegen die furchterregenden Angels zu ziehen, desssen Ziel es ist, die menschliche Rasse ganz auszurotten. Von dieser Verantwortung vorerst entmutigt, entscheidet Shinji sich seinem Schicksal zu stellen und somit dem entscheidenen Kampf um das Überleben der Menschheit!