Im Jahr 2029 sind viele Menschen Cyborgs, die ihren Körper ganz oder teilweise durch künstliche Implantate ersetzt haben. So auch Major Motoko Kusanagi. Ihr Körper ist ein Wunderwerk aus Mechanik und Elektronik, stets in direktem Kontakt mit Datenhighways und Computernetzen. Als Top-Agentin einer Polizei-Sondereinheit jagt sie einen Piraten des Cyberspace, der zugleich ein Virus des Datennetzes und des gesamten politischen Systems ist. "Puppenspieler" wird er genannt, weil er als Superhacker die Gehirne der Menschen mit Lügen und Illusionen neu programmiert. Einst wurde er als Superspion des Außenministeriums entwickelt, doch das Regierungsprojekt geriet außer Kontrolle: Der "Puppenspieler" sieht sich als eigene Lebensform, entstanden aus einem Ozean der Informationen. Major Kusanagi plant, in den Geist des "Puppenspielers" einzudringen, um ihren Feind analysieren und so besiegen zu können. Vor allem aber hofft sie, durch ihn Antworten auf ihre eigenen, brennenden existenziellen Fragen zu finden.