Einige Jahre sind nach den Ereignissen des letzen Kampfes ins Land gezogen. Nach dem Erreichen seines Ziels hat Afro (Samual L. Jackson) Frieden gefunden. Dieser währt allerdings nicht lange. Die Geister der Vergangenheit scheinen ihn wieder einzuholen, denn plötzlich taucht die Schönheit Sio (Lucy Liu) mit ihrem Komplizen auf, um Rache an seinen begangenen Gräueltaten zu üben. So begibt sich Afro Samurai wieder auf den blutigen Pfad der Rache - nur, dass er diesmal selbst im Visier steht!