Der als kleiner Junge Conan lebende Schülerdetektiv Shini'chi Kudô trifft erneut auf die Schwarze Organisation, der er seine Misere zu verdanken hat. Bisher bot ihm seine veränderte Gestalt Schutz, doch nun hat die Organisation entdeckt, dass Shini'chi das vermeintlich tödliche Attentat überlebt hat und lediglich in Kindergestalt geschrumpft ist. Nicht nur er selbst, sondern jeder in Shini'chis Umgebung gerät in tödliche Gefahr...