Conan und seine Freunde machen Ferien auf der bezaubernden Pazifikinsel Koumijima. Dort begegnen sie einer Gruppe finster wirkender Schatzjäger, die auf der Suche nach einem versunkenen Palast sind, der sich vor der Insel befinden soll. Der Legende nach haben die beiden berühmten Piratinnen Mary Read und Anne Bonny dort vor 300 Jahren einen Schatz versteckt. Während die Detective Boys zum Zeitvertreib an einer Quiz- Schatzsuche teilnehmen, gehen Sonoko und Ran tauchen und werden dabei Zeuge, wie einige der Schatzjäger von einem Hai attackiert werden. Einer von ihnen stirbt an den Folgen des Angriffs. Conan und Haibara beginnen schnell zu bezweifeln, dass es bei diesem Angriff mit rechten Dingen zugegangen ist und beginnen auf eigene Faust zu ermitteln. Was steckt wirklich hinter dem Tod des Schatzjägers - und vor allem: Wo befindet sich der geheimnisvolle Palast...?