Die Schülerin Hitomi fühlt sich so einsam und allein mit ihren Gefühlen, dass sie sich nichts sehnlicher wünscht, als sich einfach aufzulösen. Eines Abends erscheint ihr ein mysteriöser Mann namens Folken und als wäre sie in einem Traum, findet sie sich im nächsten Moment auf dem fernen Planeten Gaia wieder. Dort erfährt sie, dass sie die von der Prophezeihung vorhergesehene "Flügelgöttin" sei, die die von Kriegen und Zwietracht gebeutelte Welt Gaia vor dem Untergang retten soll. Denn nur sie habe die Kraft, die mächtige Kriegerrüstung "Escaflowne" zum Leben zu erwecken, mit der der bösartige Klan des Schwarzen Drachen besiegt werden kann. Mit dieser Verantwortung trifft Hitomi auf Van, einen rachsüchtigen Prinzen, der ebenso wie sie den Glauben an sein Leben verloren hat. Gemeinsam müssen sie nun ihren inneren Schmerz überwinden, um die Vernichtung Gaias zu verhindern!