Wir schreiben das Jahr 2015: Die Häfte der Erdbevölkerung ist einer unvorstellbaren Katastrophe zum Opfer gefallen - dem Second Impact! Auf die Bitte seines geheimnisvollen Vaters hin, trifft der 14-jährige Shinji Ikari in der Festungsstadt TOKYO-3 ein - und wird sogleich Zeuge des Angriffs eines so genannten "Engels". Dabei handelt es sich um riesige Ungeheuer deren einziges Ziel in der Ausrottung der Menschheit besteht. Die Engel zu stoppen, hat sich Shinjis Vater mit der Organisation NERV zur Aufgabe gemacht: Im NERV-Hauptquartier erfährt Shinji, dass er neben wenigen weiteren Jugendlichen die Fähigkeit besitzt, die gigantischen, biomechanischen Evangelion-Mechas (EVAs) zu steuern. Nach einem inneren Konflikt entscheidet sich Shinji schließlich dazu, sich seinem Schicksal zu stellen und als Pilot der Kampfmaschine EVA 01 den Kampf um das Überleben der Menschheit gegen die Engel anzutreten ...