Nachdem Familie Tanner ihren extraterrestrischen Untermieter irgendwann nicht mehr geheim halten konnte, wurde Gordon Shumway, alias ALF, die "Alien Life Form", vom Militär zu Forschungszwecken inhaftiert. Doch sein Leben in Gefangenschaft ist alles andere als karg. Im Gegenteil: Seine "Zelle" gleicht einer Suite, und das Leben dort lässt sich sogar verdammt gut aushalten ... Wäre da nicht der heimtückische Colonel Milfoil (Martin Sheen), der ein paar echt fiese Tests mit ALF durchführt.

Doch nicht alle Uniformierten sind schlecht. Lt. Rick Mullican (William O'Leary) und Capt. Melissa Hill (Jensen Daggett) helfen dem Kosmos-Asylanten zu fliehen. Ihre chaotisch-turbulente Reise führt das Trio zum renommierten Ufologen Dr. Dexter Moyers (Miguel Ferrer). Hier sind sie jedoch alles andere als sicher ...