Eine geheimnisvolle Terroristengruppe hält die Stadt in Atem und dominiert mit einem Sprengstoffattentat auf ein Biolabor die Schlagzeilen. Um selbst wieder ins Blickfeld der Öffentlichkeit zu gelangen, fordert Sonokos publicitysüchtiger Onkel Jirokichi Suzuki seinen Erzrivalen Kaitô Kid öffentlich heraus: Kid soll versuchen, ihm medien-wirksam den wertvollen Juwel "Lady Sky" zu stehlen. Die Schwierigkeit besteht darin, dass sich sowohl der Edelstein als auch Suzukis Sicherheitsleute an Bord seines Zeppelins befinden, der von Tokio nach Osaka fährt.

Auch Conan und seine Freunde dürfen dank Sonoko an der Fahrt teilnehmen. Doch schon bald wird aus der beschaulichen Luftreise ein lebensgefährliches Drama: Die Terrorgruppe entführt das Luftschiff und verkündet, im Besitz eines gefährlichen Krankheitserregers zu sein...